古代官方的最高醫學機構為太醫院，它除為皇室服務外，還兼管醫學教育。太醫院醫生主要從各地世業醫生中考選。被選入太醫院學習者，稱醫丁。醫丁必須由嫡派子孫告補，經太醫院學習三年，通候類考，中試后才準補役。如嫡派無人或不堪補用，經獲準可從親支弟、侄人等中，選一人參加學習考補。

醫生待遇很低。凡在太醫院取充醫役者，免除原籍民差。弘治二年(1483)規定，御藥房供事者免兩丁，太醫院設者免一丁。太醫院醫士舊無月糧，永樂時始比照天文生例給月糧，有家的月支米五斗，無家的三斗。成化十年(1474)，醫士月糧較有增加，有家小者，支米七斗，無者五斗。醫生有家小者四斗，無者二斗。醫官舊例支米二石，弘治間照醫士例，減為七斗。

地方醫學教育比較重視，弘治十七年(1506)規定，府、州、縣均設醫學，主管地方各級醫藥行政和醫學教育，府設正科1人為從九品，州與縣的醫官均未入流，萬歷中始改為從九品。地方醫學教育在全國普通設立。新設州縣，除設立儒學和陰陽學外，均設有醫學。在一定程度上促進了地方醫學教育的發展。

民間醫學教育，主要采用家傳或師徒傳授的形式，明代的世醫制度造就了不少醫學世家，使醫學世代相傳；不少世醫將自己的經驗編寫成簡易實用的醫學讀物，作為教材以教授子弟。

故代明朝有文規定，各地醫官子弟精通醫術者，可任其捐納，送吏部免考，有的可獲得吏目等官職；這是選用醫官醫士的一種陋習，不問技術如何，只要有錢捐納，便可得到升遷。

教學方法和考試制度

1、分科教學
明代太醫院醫生教育，按太醫院所分13科分科教學，有教師二至三人擔任教習，醫官醫生各選定專科進行學習。
所用教材有《素問》、《難經》、《脈訣》及有關各并重要方書，須熟讀精解，考試即從以上經典出題，學生筆寫作答。這些經典著作不易研讀，一些醫家著手編寫通俗讀物，以便習醫者研讀。
2、考試制度
醫生每年分四季考試，三年大考一次。醫丁和太醫院的醫學生、醫士均參加大考。考試由堂上官1人會同醫官2人主持。考試合格者，一等為醫士，二等為醫生；不及格者可學習一年再補考，三次考試不及格者，黜免為民。五年考試成績均屬優等者，由教師奏請，酌予升授。
明代注意醫生的繼續教育，充任醫士、醫生后，還要繼續學習專科并參加考試。如嘉靖二十八年(1549)規定：考試成績一等者，原為醫生者可充任醫士，醫士無冠帶者，給予冠帶。原在內殿供事支俸且有冠帶者，酌升俸一級。若內殿缺人，太醫院依不同專科依次呈報禮部，送內殿供事。考試成績二等，原為醫生者與充醫士，醫士無冠帶者，給予冠帶。原在內殿供事者，不準繼續供職，只能在太醫院當差。
考試成績三等，職位照舊。
考試成績四等，原有冠帶者，去其冠帶。原支品級俸者，降俸一年，支雜職俸者，降充冠帶醫生。食糧七年者，降充醫生，只支日糧。考列四等者均準許學習半年后送禮部再考，考取者，仍可支俸糧與冠帶，再通不過，均降充醫生，專在太醫院銼碾藥物。
納銀候缺吏目，須三年大考，成績列為一等，才許和各差醫士一樣遇缺考補。納銀冠帶醫士，須經三年大考，才許換次撥差，未經大考通過者，不能留太醫院。
在京差遣及臨考不到者，限半年內補考。如再回避，沒有起復，即差回。病愈銷假一年以上，或服滿、差滿、患滿給假限滿，故意避考者，一年以上不回太醫院希圖避考者，由禮部參奏降職。