教育部高等教育司、國家衛生計生委科技教育司負責人指出，免費醫學生畢業后未按協議到農村基層醫療衛生機構報到就業（如參加全日制研究生教育等）或報到就業后未服務至期滿的，視為違約。違約的免費醫學生要按規定退還已享受的減免教育培訓費用和生活補助并繳納違約金，違約事實納入醫師誠信管理，公布違約記錄并計入免費醫學生人事檔案。省級衛生計生部門、中醫藥部門負責免費醫學生的履約管理，誠信檔案將作為醫療衛生機構是否招聘的重要參考因素。

根據規定，經招收錄取納入住院醫師規范化培訓或助理全科醫生培訓，并取得《住院醫師規范化培訓合格證書》或《助理全科醫生培訓合格證書》的免費醫學生，其3年住院醫師規范化培訓時間或2年助理全科醫生培訓時間計入6年服務期內。

為加強基層醫療衛生隊伍建設，2010年3月，國家發展改革委、原衛生部等部門聯合印發了《以全科醫生為重點的基層醫療衛生隊伍建設規劃》，把實施高等醫學院校農村訂單定向免費培養作為加強基層醫療衛生隊伍建設的重要途徑之一。同年6月，相關部委又出臺了《關于開展農村訂單定向醫學生免費培養工作的實施意見》，啟動實施了農村訂單定向醫學生免費培養工作，中央財政支持為中西部每個鄉鎮衛生院培養一名擬從事全科醫療的本科醫學畢業生。據悉，第一屆免費醫學生將于今年7月畢業。